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Master de Chimie

2ème année

Modélisation des systèmes biologiques

Cours:

  1. Introduction à la bioinformatique
  2. De la structure à la fonction d'une protéine - Part I
  3. De la structure à la fonction d'une protéine - Part II
  4. De la structure à la fonction d'une protéine - Part III
  5. De la structure à la fonction d'une protéine - Part IV

Travaux dirigés:

Logiciel de visualization de biomolécules: nglviewer

Quelques biomolécules à visualiser:

  • ADN B:
    • reconnaître le sens '5 -> '3
    • reconnaître les bases
    • déterminer la séquence; les complémentarités sont-elles respectées?
    • reconnaître les sillons majeurs et mineurs (major groove et minor groove)
  • Peptide en hélice
    • repérer chaîne principale (backbone) et chaîne latérale (sidechain)
    • reconnaître les acides aminés; déterminer la séquence primaire
  • Peptide en feuillet
    • repérer chaîne principale (backbone) et chaîne latérale (sidechain)
  • Lysozyme
    • afficher la chaîne principale en cartoon
    • afficher la surface de la protéine
    • afficher en ball and stick les acides aminés essentiels du site de reconnaissance
    • reconnaître la forme du site de reconnaissance
  • ARN de transfert
    • télécharger les structures 4TNA et 2TRA
    • repérer les anticodons
    • repérer où les acides aminés doivent être attachés